Nadace knihoven byla založena bývalými státními vědeckými knihovnami v Brně (dnes Moravská zemská knihovna), Českých Budějovicích (dnes Jihočeská vědecká knihovna), Hradci Králové (dnes Studijní a vědecká knihovna), Kladně (dnes Středočeská vědecká knihovna), Liberci (dnes Krajská vědecká knihovna), Olomouci (dnes Vědecká knihovna), Ostravě (dnes Moravskoslezská vědecká knihovna), Plzni (dnes Studijní a vědecká knihovna) a Ústí nad Labem (dnes Severočeská vědecká knihovna).
Impulzem pro vznik bylo mj. přijetí zákona č. 227/1997 Sb., o nadacích a nadačních fondech. Účelem nově založené Nadace knihoven bylo přispívat k aktivitám veřejných a odborných knihoven a pomáhat rozvoji knihovnických a informačních činností.
Nadaci knihoven spravuje a řídí tříčlenná správní rada, která je obnovována dle stanov za čtyři roky. Jejím předsedou je momentálně ředitel Moravské zemské knihovny v Brně prof. PhDr. Tomáš Kubíček, Ph.D.
Zakládající knihovny složily základní jmění a po splnění všech podstatných základních předpokladů mohla Nadace v roce 2000 zahájit svoji činnost. V témže roce získala Nadace také finanční prostředky z první vlny Nadačního investičního fondu. Podle zákona tyto prostředky jsou tzv. nehybným jměním, Nadace může disponovat pouze úroky z tohoto jmění. A to jsou právě prostředky, jichž Nadace každoročně využívá při vyhlašování soutěží, kterých se mohou zúčastnit kromě knihoven také občanská sdružení, obecně prospěšné společnosti, nadace, sdružení právnických osob a další příspěvkové a rozpočtové organizace z oblasti kultury působící na území České republiky.
S úspěšnými žadateli je sepsána smlouva s podmínkami podpory: Nadace poskytne dotaci maximálně do výše 50 % skutečných nákladů na zahraniční cestu, tj. cestovné, stravné, ubytování; žadatel má za povinnost zpracovat a odevzdat cestovní zprávu (v ní musí být výslovně uvedeno, že cesta byla podniknuta s podporou Nadačního investičního fondu) a předložit originály cestovních dokladů.